Σε νέα εποχή περνά το σύστημα αγροτικών ενισχύσεων και πληρωμών μετά την κατάργηση του ΟΠΕΚΕΠΕ. Σύμφωνα με τον σχεδιασμό, η ΑΑΔΕ θα στήσει μια νέα ψηφιακή πλατφόρμα μέσω της οποίας οι αγρότες θα υποβάλλουν τις αιτήσεις τους και θα διενεργούνται έλεγχοι και σαρωτικές διασταυρώσεις σε τιμολόγια, αγροτικές εκτάσεις, τίτλους ιδιοκτησίας, περιουσιακά στοιχεία, παραστατικά ενοικίασης πριν από την καταβολή των επιδοτήσεων στους τραπεζικούς λογαριασμούς των δικαιούχων. Το αρχείο του ΟΠΕΚΕΠΕ θα μεταφερθεί μέσω διαλειτουργικότητας στην ΑΑΔΕ στην οποία θα δημιουργηθεί μια νέα υποδιοίκηση, η οποία θα ασχολείται αποκλειστικά με τις διαδικασίες συλλογής των αιτήσεων, ελέγχου και καταβολής των αγροτικών ενισχύσεων-επιδοτήσεων. Ολες οι λειτουργίες του ΟΠΕΚΕΠΕ θα ενσωματωθούν στην ΑΑΔΕ με αξιοποίηση ύστερα από αξιολόγηση του προσωπικού του Οργανισμού σε επιμέρους Διευθύνσεις της ΑΑΔΕ. Η ανεξάρτητη Αρχή θα βρίσκεται σε διαρκή συνεργασία με εξωτερικό ελεγκτή, ενώ σχεδιάζεται η αναδιάρθρωση των ελεγκτικών μηχανισμών με αύξηση των φυσικών ελέγχων με χρήση σύγχρονων ψηφιακών εργαλείων και την τυποποίηση και πιστοποίηση των διαδικασιών.