Εγινε παρανάλωμα του πυρός το 1820, κατά τη διάρκεια της πολιορκίας του Αλή Πασά στα Ιωάννινα, χτίστηκε ξανά λίγο αργότερα, με δαπάνη των αδελφών Ζωσιμάδων, και τελικά χθες, σχεδόν 200 χρόνια μετά την επαναλειτουργία του, ένα κομμάτι της ιστορίας του χάθηκε στις στάχτες. Περίπου στις 2.15 τα ξημερώματα ήχησε συναγερμός για πυρκαγιά εντός του Μητροπολιτικού Ναού του Αγίου Αθανασίου στα Ιωάννινα, ενός συμβόλου της πόλης που έχει κηρυχθεί ιστορικό και διατηρητέο μνημείο. Η φωτιά εκδηλώθηκε στον γυναικωνίτη και έλαβε γρήγορα διαστάσεις λόγω των εύφλεκτων υλικών, ενώ οι πυροσβέστες που έσπευσαν στο σημείο έδωσαν μάχη επί ώρες για να μην επεκταθεί η φωτιά στην ξύλινη στέγη, κάτι που θα προκαλούσε ολοκληρωτική καταστροφή ή και κατάρρευση του ναού. Ο κίνδυνος αποφεύχθηκε, όμως προκλήθηκαν σοβαρές υλικές ζημιές. Μεταξύ άλλων καταστράφηκε ο παλαιός, χρυσοκέντητος, Επιτάφιος της Μητρόπολης, θεωρούμενος ρωσικής προελεύσεως και ένας από τους παλαιότερους των Ιωαννίνων, ενώ σημαντικές φθορές από τον καπνό υπέστησαν οι αγιογραφίες-τοιχογραφίες του, οι οποίες είχαν συντηρηθεί πριν από μερικούς μήνες.
Καταφύγιο των χριστιανών από το 1611
Αξίζει να σημειωθεί πως οι τοιχογραφίες του ναού είναι έργο καπεσοβιτών αγιογράφων και χρονολογούνται από το 1835, ενώ ο ναός περιλάμβανε επίσης και δυτικότροπες επιζωγραφίσεις του 1901 και του 1947. Ο ναός του Αγίου Αθανασίου είχε γίνει το καταφύγιο των χριστιανών από το 1611, όταν εκδιώχθηκαν από το Κάστρο των Ιωαννίνων από τους Οθωμανούς, και είναι γνωστός για τους «θησαυρούς» του: το περίτεχνο ξυλόγλυπτο τέμπλο του σε στυλ «μπαρόκ», έργο ταλαντούχων ξυλογλυπτών από την Κόνιτσα, τον άμβωνά του, φτιαγμένο από μετσοβίτες τεχνίτες, τις δεσποτικές εικόνες του τέμπλου, ρωσικής τέχνης και προέλευσης, τον μεγάλο κεντρικό πολυέλαιό του, προσφορά των αδελφών Ζωσιμάδων, που κατασκευάστηκε στη Μόσχα, όπως και τα δύο μανουάλια της Ωραίας Πύλης, προσφορά του Γεωργίου Χατζηκώστα το 1831.
Σύμφωνα με τις πρώτες εκτιμήσεις η φωτιά οφείλεται σε βραχυκύκλωμα. «Πρέπει να δοξολογούμε τον Θεό, διότι θα μπορούσε ο ναός να είχε καεί ολόκληρος» σχολίασε ο Μητροπολίτης Ιωαννίνων, Μάξιμος. «Είναι ευτύχημα, είναι θαύμα που δεν πήγε η φωτιά στη σκεπή που είναι ξύλινη. Είναι θαύμα που δεν έπεσε μία σπίθα στα χαλιά και να καούν τα πάντα. Να πέσει μία σπίθα στην Αγία Τράπεζα, που είχε υφάσματα, και να μη μείνει τίποτα», ενώ προσπαθώντας να εμψυχώσει τους ιερείς πρόσθεσε πως «ό,τι φτιάχνεται μια φορά, ξαναφτιάχνεται». Αναφερόμενος στην αυριανή εορτή των Αρχαγγέλων Μιχαήλ και Γαβριήλ ο Σεβασμιότατος είπε: «Δεν θα είχα πρόβλημα να λειτουργήσει και έτσι όπως είναι (…). Εγώ προσωπικά θα ερχόμουν να λερωθώ ευχαρίστως, να λειτουργήσει ο ναός».