Από σήμερα ξεκινά η μεταβατική περίοδος υλοποίησης του ΕΧΔΥ, που θα διαρκέσει δύο χρόνια, έως τον Μάρτιο του 2027. Τότε, θα πρέπει η Κομισιόν να υιοθετήσει μια σειρά από εφαρμοστικές πράξεις που θα καθορίζουν με μεγαλύτερη λεπτομέρεια τη λειτουργία του. Σύμφωνα με το χρονοδιάγραμμα του Κανονισμού, τον Μάρτιο του 2029 θα ξεκινήσει να λειτουργεί το σύστημα σε πανευρωπαϊκό επίπεδο, χωρίς ωστόσο να είναι πλήρη τα δεδομένα που θα μεταφορτωθούν στον ΕΧΔΥ. Η αρχική λειτουργία του θα περιλαμβάνει σύνοψη της κατάστασης του ασθενούς, ηλεκτρονικές συνταγογραφήσεις και εκτελέσεις συνταγών. Παράλληλα, θα ξεκινήσει και η δευτερογενής χρήση ορισμένων δεδομένων.
Τον Μάρτιο του 2031 υπολογίζεται η μεταφόρτωση περισσότερων δεδομένων υγείας, όπως είναι οι απεικονίσεις, τα εργαστηριακά αποτελέσματα, τα εξιτήρια από νοσοκομεία κ.λπ. Το 2031 θα είναι διαθέσιμα για δευτερογενή χρήση και τα υπόλοιπα σχετικά δεδομένα. Τέλος, από τον Μάρτιο του 2034, η ΕΕ θα δέχεται αιτήσεις για τη δευτερογενή χρήση δεδομένων από τρίτες χώρες και διεθνείς οργανισμούς.